El registro biométrico es un sistema para asegurar la entrega del servicio de alimentación a los beneficiarios determinados por JUNAEB en cada establecimiento. Consiste en el en el registro de la huella digital de cada uno de los beneficiarios. El sistema garantiza de esta forma, que quien recibe la alimentación, es el alumno a quien se le otorgó el beneficio. El tratamiento de toda la información del alumno es confidencial, a la cual, las empresas de alimentación no tienen acceso de manera directa, y solo actúan como operadores de la información que JUNAEB les proporciona.